Причина тормозов все таки обнаружена, и в безумных ежедневных попытках обнаружить в чем дело слегка пострадал Яой-тян. Пострадал не сильно, просто на одном сервере не было файлов шаблонов, а на другом были - по ошибке активировали не тот сервер как основной. Сейчас все должно быть в порядке.

Причина оказалась комплексная из 3 независимых пунктов, которые наложились друга на друга приблизительно в один и тот же момент, поэтому обнаружить было трудно. Сейчас проблема решена где-то на 20-30%, продолжаем работу